BIOM微生物數據格式及文件轉換的方法

這篇文章主要介紹“BIOM微生物數據格式及文件轉換的方法”，在日常操作中，相信很多人在BIOM微生物數據格式及文件轉換的方法問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”BIOM微生物數據格式及文件轉換的方法”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！

BIOM目前分為1.0 JSON和2.0 HDF5兩個版本

1.0 JSON是編程語言廣泛支持的格式，類似于散列的鍵值對結果。會根據數據松散程度，選擇不同的存儲結構來節(jié)省空間。

2.0 HDF5是二進制格式，被許多程序語言支持，讀取更高效和節(jié)約空間。

如何節(jié)約存儲：

• biom格式轉換常用命令：

• 
  

• 轉換經典表格為HDF5或JSON格式

biom convert -i table.txt -o table.from_txt_json.biom --table-type="OTU table" --to-json
biom convert -i table.txt -o table.from_txt_hdf5.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5

• 轉換biom為經典格式

biom convert -i table.biom -o table.from_biom.txt --to-tsv

• 轉換biom為經典格式，并在最后列包括物種注釋信息

biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key taxonomy

• 轉換biom為經典格式，并在最后列包括物種注釋信息，并改名為ConsensusLineage

• 此功能對于一些軟件要求指定的列名有很有用。

- biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_consensuslineage.txt --to-tsv --header-key taxonomy --output-metadata-id "ConsensusLineage"

• 帶物種注釋表格互轉

biom convert -i table.biom -o table_tax.txt --to-tsv --header-key taxonomy
biom convert -i table_tax.txt -o new_table.biom --to-hdf5 --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy
biom convert -i table_tax.txt -o new_table.biom --to-json --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy

取子集亞組進行分析；

biom subset-table -i otu_table.biom -a sample -s samples_list.txt -o otu_table_subset.biom

samples_list.txt 為單列樣品名稱；

biom文件中過濾方法：

如果系統(tǒng)中安裝了qiime1 ，會有關于biom文件得過濾得腳本，方便我們篩選自己得數用于后續(xù)分析：

# 按樣品數據測序量過濾：選擇counts>30000的樣品
filter_samples_from_otu_table.py -i otu_table.biom -o otu_table1.biom -n 30000
# 查看過濾后結果：
biom summarize-table -i otu_table1.biom
# 按樣品數據測序量過濾：選擇counts<10000的樣品
filter_samples_from_otu_table.py -i otu_table.biom -o otu_table_no_high_coverage_samples.biom -x 10000

# 按OTU豐度過濾：選擇相對豐度均值大于十萬分之一的OTU
filter_otus_from_otu_table.py --min_count_fraction 0.00001 -i otu_table.biom -o otu_table1.biom


# 按物種過濾OTU表：去除p__Chloroflexi菌門等 
filter_taxa_from_otu_table.py -i otu_table.biom -o otu_table1.biom
#Split otu_table.biom into per-study OTU tables, and store the results in ./per_study_otu_tables/
 split_otu_table.py -i otu_table.biom -m Fasting_Map.txt -f Treatment -o per_study_otu_tables
#Split otu_table.biom into multiple biom tables based on the Treatment and Color of the samples
 split_otu_table.py -i otu_table.biom -m Fasting_Map.txt -f Treatment,Color -o ./per_study_otu_tables/

到此，關于“BIOM微生物數據格式及文件轉換的方法”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續(xù)學習更多相關知識，請繼續(xù)關注億速云網站，小編會繼續(xù)努力為大家?guī)砀鄬嵱玫奈恼拢?/p>