R語言的ssGSEA.r怎么使用

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ssGSEA.r  單樣本基因集富集分析

使用方法：

$Rscript ../scripts/ssGSEA.r -h
usage: ../scripts/ssGSEA.r [-h] -i expset -g geneset [-o outdir] [-p prefix]
ssGSEA免疫侵潤分析
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i expset, --expset expset
                        input gene expression set matrix from RNA-seq data csv
                        format [required]
  -g geneset, --geneset geneset
                        input gene set database [required]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        output file name prefix [default demo]

參數(shù)說明：

-i 基因表達(dá)量  ， 建議用TPM標(biāo)準(zhǔn)化之后的數(shù)據(jù)：

-g 基因集  兩列數(shù)據(jù)，第一列細(xì)胞類型，第二列為基因

結(jié)果說明：

得到每一個樣本的不同基因集中的NES值： 

NES值：用最大值與最小值間的絕對差對ssGSEA分?jǐn)?shù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。

方法說明：

單樣本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA），是GSEA方法的擴展，主要是針對單個樣本無法做GSEA而設(shè)計。文章2009年發(fā)表于nature，題目為Systematic RNA interference reveals that oncogenic KRAS-driven cancers require TBK1。

首先對給定樣本的基因表達(dá)值進(jìn)行秩次標(biāo)準(zhǔn)化，然后利用經(jīng)驗累積分布函數(shù)計算富集分?jǐn)?shù)（ES）。設(shè)給定基因集為G，包含基因數(shù)為NG，給定單個樣本為S，表達(dá)譜包含基因數(shù)為N，N個基因按它們絕對表達(dá)值從高到低確定秩次。i 從1賦值到N，依此計算PGw和PNG。

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