R語言的univariate_cox.r怎么使用

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單因素cox回歸分析

使用方法：

指定單個變量做cox回歸分析，可以是臨床數(shù)據(jù)

$Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h
usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r
       [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize]
       [-o outdir] [-p prefix]

unvariate cox regression

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i data, --data data  input data file path[required]
  -t time, --time time  set suvival time column name [required]
  -e event, --event event
                        set event column name must 0 or 1 code format
                        [required]
  -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...]
                        variate for cox analysis [required]
  -b blocksize, --blocksize blocksize
                        Number of variables Parallel to test in each [default
                        2]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default cox]

使用舉例：

Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -i nomogram_metadata.tsv -e EVENT -t TIME \
  -v gender  riskScore age_at_index    ajcc_pathologic_stage \
  -o univariate_cox \
  -p  univariate_cox

參數(shù)說明：

-i 輸入生存數(shù)據(jù)與臨床數(shù)據(jù) 

結果展示：

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