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本篇內(nèi)容介紹了“metadata中怎么實(shí)現(xiàn)按列分組”的有關(guān)知識(shí),在實(shí)際案例的操作過程中,不少人都會(huì)遇到這樣的困境,接下來就讓小編帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)一下如何處理這些情況吧!希望大家仔細(xì)閱讀,能夠?qū)W有所成!
metadata中按列分組,做差異比較分析,可以利用 merge_tsv_files.r 或者 merge_metadata_genexpdata.r 將比較的信息合并到metadata中:
usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/compare_stat_boxplot.r [-h] -m filepath -v variate [variate ...] -g group [-b groupby] [-G geom] [--addDot] [-p palette [palette ...]] [-T title] [-x xlab] [-y ylab] [-o path] [-n prefix] [-H number] [-W number] box plot and stat : optional arguments: -h, --help show this help message and exit -m filepath, --metadata filepath input metadata file path[required] -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...] variate for box [required] -g group, --group group group name from metadata to test[required] -b groupby, --groupby groupby main group name from metadata to subset [default NULL] -G geom, --geom geom set type of plot: boxplot, violin, splitviolin [default=boxplot] -p palette [palette ...], --palette palette [palette ...] fill color palette [default ('#e41a1c', '#377eb8', '#4daf4a', '#984ea3', '#ff7f00', '#ffff33', '#a65628', '#f781bf', '#999999')] -T title, --title title the label for main title [optional, default: ] -x xlab, --xlab xlab input xlab [default ] -y ylab, --ylab ylab input ylab [default value] -o path, --outdir path output file directory [default /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/07.survival] -n prefix, --name prefix out file name prefix [default demo] -H number, --height number the height of pic inches [default 5] -W number, --width number the width of pic inches [default 3]
-m 指定metadata文件
-v 指定要比較的變量所在的列列名,可以多個(gè)
-g 指定分組列列名
-G 指定輸出 boxplot類型
Rscript $scriptdir/compare_stat_boxplot.r -m ../08.Nomogram/nomogram_metadata.tsv \ -v PDGFRL CXCR4 PAK3 CSF1R PDCD1 \ -g risk.group -n signature.geneExp -W 10 -G boxplot -y "log2(TPM)"
“metadata中怎么實(shí)現(xiàn)按列分組”的內(nèi)容就介紹到這里了,感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業(yè)相關(guān)的知識(shí)可以關(guān)注億速云網(wǎng)站,小編將為大家輸出更多高質(zhì)量的實(shí)用文章!
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