如何使用R包ggplot2繪制啞鈴圖展示基因的CNV突變頻率

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R包ggplot2繪制啞鈴圖展示基因的CNV突變頻率

使用方法:

$Rscript scripts/cnv_dumbbell_plot.r -h
usage: scripts/cnv_dumbbell_plot.r [-h] -c CNV_DATA -g GENE_SYMBOL [-H HEIGHT]
                                   [-W WIDTH] [-o OUTDIR] [-p PREFIX]

CNV_Dumbbell_plot:https://www.億速云.com/article/1572

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -c CNV_DATA, --cnv_data CNV_DATA
                        input cnv data file path[required]
  -g GENE_SYMBOL, --gene_symbol GENE_SYMBOL
                        Enter the file path that contains the gene
                        symbol[required]
  -H HEIGHT, --height HEIGHT
                        the height of dumbbell plot[optional,default 6]
  -W WIDTH, --width WIDTH
                        the width of dumbbell plot[optional,default 8]
  -o OUTDIR, --outdir OUTDIR
                        output file directory[optional,default cwd]
  -p PREFIX, --prefix PREFIX
                        out file name prefix[optional,default m6a_cnv]

參數(shù)說明：

-c 輸入拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)經(jīng)過GISTIC軟件分析過后的結(jié)果文件：

-g 輸入用于繪制啞鈴圖的基因文件：

-H和-W 指定生成圖片的高和寬，默認(rèn)高為6，寬為8

使用舉例：

Rscript ../scripts/cnv_dumbbell_plot.r -g ../m6a.tsv \
    -c ../01.TCGA_data/TP_CNV_Gistic2_Level_4/all_data_by_genes.txt

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