如何利用SNP構(gòu)建指紋圖譜

這篇文章給大家介紹如何利用SNP構(gòu)建指紋圖譜，內(nèi)容非常詳細(xì)，感興趣的小伙伴們可以參考借鑒，希望對大家能有所幫助。

利用SNP構(gòu)建指紋圖譜！

高通量測序會得到很多SNP，如何利用這些SNP是一項(xiàng)非常重要的工作；尤其在搜集篩選一些種質(zhì)資源的時(shí)候，我們往往希望用最少的SNP區(qū)分盡量多的樣品，也就是指紋圖譜DNA fingerprinting，這在實(shí)際科研生產(chǎn)中是非常有用的、實(shí)用的，今天我給大家分享一款軟件—SNPT，它可以幫助您從萬千SNP變異中篩選出您最想得到的SNP組合，用于指紋圖譜的構(gòu)建。

軟件介紹

SNPT下載地址：http://www.shigatox.net/stec/cgi-bin/snpt這個軟件可以做的分析：

1. Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);

2. Calculate allele frequencies;

3. Find informative SNPs;

4. Calculate D (Index of the Discrininatory Ability);

5. Find the set(s) of minimum SNPs;

6. Output MST data file in mega and interleaved mega format.

輸入的文件格式如下：列之間用tab分隔，第一行為SNP在基因組上的位置信息；從第二行開始，第一列為樣品名稱，后面為對應(yīng)SNP。

Strain 325 968 2351 4768 4980 6971 9323 1319
ARK0000038 G C C G G A G T
ARK0000056 G C C G G A G T
ARK0000062 G C C G G A G T
ARK0000066 G C C G G A G T
ARK0000069 G C T G G A G T
...

軟件使用

下載軟件，軟件無需安裝，解壓即可使用。

加載輸入文件。

計(jì)算最小SNP集合。

計(jì)算完成后右側(cè)文本框會有顯示，輸出文件也會在這顯示。

輸出文件：

每一行為一個樣本，每一列為一個標(biāo)記，不同顏色代表不同分型。

關(guān)于如何利用SNP構(gòu)建指紋圖譜就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，可以學(xué)到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。