split_sample.r如何根據(jù)生存數(shù)據(jù)對樣本隨機(jī)分組

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split_sample.r根據(jù)生存數(shù)據(jù)對樣本隨機(jī)劃分訓(xùn)練集測試集

使用方法:

usage: split_sample.r [-h] -i input [-e event] [-t time] [-p propotion]
                      [-o outdir] [-n name]

The complete data set is randomly divided into training set and test set

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i input, --input input
                        input matrix data [required]
  -e event, --event event
                        input event list ,default:EVENT
  -t time, --time time  input time list,default:TIME
  -p propotion, --propotion propotion
                        input propotion of train set to test set,default:0.6
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -n name, --name name  output file name prefix [default demo]

參數(shù)說明：

-i    輸入矩陣文件

-e    文件中生存事件列名，默認(rèn)為EVENT

-t    文件中生存時間列名，默認(rèn)為TIME

-p    根據(jù)生存數(shù)據(jù)劃分的訓(xùn)練集與測試集之間的比例，默認(rèn)為6：4

-o    輸出文件路徑

-n    指定輸出文件名字

使用舉例：

Rscript split_sample.r -i ../project/zx-20210908-381-TCGA_CHOL/01_meta/survival_time.tsv

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