建立refFlat.txt文件有問題怎么解決

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統(tǒng)計基因區(qū)域覆蓋比例命令：

/share/work/biosoft/java/jre1.8.0_73/bin/java -jar /share/work/biosoft/picard/picard-tools-2.1.0/picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/share/work/database/ref/Saccharomyces_cerevisiae/Yeastgenome/refFlat.txt INPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/1.Mapping/3ts-30min/3ts-30min.bam OUTPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/2.Map_stat/3ts-30min.map_base.stat CHART_OUTPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/2.Map_stat/3ts-30min.Normalized_Distance_Along_Transcript.pdf STRAND_SPECIFICITY=NONE VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

refFlat.txt 文件行數(shù)過少導(dǎo)致出錯：

查看原因：

生成該文件報錯，導(dǎo)致生成的基因區(qū)域過少

gtfToGenePred -genePredExt saccharomyces_cerevisiae.gtf refFlat.tmp.txt
no exons defined for group HRA1, feature noncoding_exon (perhaps try -ignoreGroupsWithoutExons)

改進：

gtfToGenePred -genePredExt -ignoreGroupsWithoutExons saccharomyces_cerevisiae.gtf refFlat.tmp.txt

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