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本篇內(nèi)容主要講解“java gb格式注釋文件怎么轉(zhuǎn)換成gff3注釋文件格式”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實(shí)用性強(qiáng)。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“java gb格式注釋文件怎么轉(zhuǎn)換成gff3注釋文件格式”吧!
使用conda安裝EMBOSS
conda install embossseqret命令轉(zhuǎn)化
seqret -feature -osformat2 gff3 -outseq chr01.gff chr01.gb這是一個(gè)java程序 我沒有安裝成功
最開始服務(wù)器上沒有安裝java，運(yùn)行java命令的時(shí)候提示我
Command 'java' not found, but can be installed with:
apt install default-jre
apt install openjdk-11-jre-headless
apt install openjdk-8-jre-headless 不知道這三個(gè)有什么區(qū)別，然后使用命令apt install openjdk-8-jre-headless安裝了第三個(gè)
需要安裝biopython和bcbio-gff 直接使用pip安裝
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple biopython
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple bcbio-gf腳本內(nèi)容
import sys
from Bio import SeqIO
from BCBio import GFF
in_file = sys.argv[1]
out_file = sys.argv[2]
in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file,'w')
GFF.write(SeqIO.parse(in_handle,'gb'),out_handle)
in_handle.close()
out_handle.close()使用方式
python convert_gb_to_gff3.py input.gb output.gff到此，相信大家對“java gb格式注釋文件怎么轉(zhuǎn)換成gff3注釋文件格式”有了更深的了解，不妨來實(shí)際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！
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