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如何寫shell腳本

發(fā)布時間：2021-11-18 10:11:55 來源：億速云 閱讀：147 作者：小新 欄目：大數(shù)據(jù)

這篇文章主要為大家展示了“如何寫shell腳本”，內(nèi)容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領(lǐng)大家一起研究并學習一下“如何寫shell腳本”這篇文章吧。

 腳本

用途：輸入全基因組重測序的fastq文件和使用bowtie2構(gòu)建的葉綠體參考基因組索引，提取全基因組重測序數(shù)據(jù)中的葉綠體基因組的數(shù)據(jù)

fq1=$1
fq2=$2
reference=$3


fq_file_name_1="${fq1%%.*}"
fq_file_name_2="${fq2%%.*}"
output_prefix="${fq1%%_*}"

bowtie2 -q -x ${reference} -1 ${fq_file_name_1}.fastq -2 ${fq_file_name_2}.fastq -p 8 -S ${output_prefix}.sam

echo '1 alignment done'

samtools view -S -b -o ${output_prefix}.bam ${output_prefix}.sam

echo '2 sam convert to bam done'

samtools sort -n -O bam -o ${output_prefix}.sorted.bam ${output_prefix}.bam

echo '3 sort by read name done'

samtools view -u -f 1 -F 12 ${output_prefix}.sorted.bam > ${output_prefix}.sorted.aligned.bam

echo '4 extract aligned reads done'

bamToFastq -i ${output_prefix}.sorted.aligned.bam -fq mapped_R1.fastq -fq2 mapped_R2.fastq

echo '5 The result files are mapped_R1.fastq and mapped_R2.fastq'

 

使用方法是

bash practice.sh input_1.fastq input_2.fastq reference/cp_index
 

使用前提是samtools、bowtie2、和bamToFastq已經(jīng)安裝并且添加到了環(huán)境變量

 額外內(nèi)容

將一臺服務(wù)器上的文件拷貝到本機https://zhuanlan.zhihu.com/p/22482509

如何寫shell腳本  
image.png


以上是“如何寫shell腳本”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！

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