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eggnog-mapper軟件的安裝配置方法

發(fā)布時(shí)間：2021-07-10 14:40:59 來(lái)源：億速云 閱讀：668 作者：chen 欄目：大數(shù)據(jù)

這篇文章主要講解了“eggnog-mapper軟件的安裝配置方法”，文中的講解內(nèi)容簡(jiǎn)單清晰，易于學(xué)習(xí)與理解，下面請(qǐng)大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來(lái)研究和學(xué)習(xí)“eggnog-mapper軟件的安裝配置方法”吧！


數(shù)據(jù)庫(kù)文件下載鏈接 

http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog.db.gz http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog_proteins.dmnd.gz

將數(shù)據(jù)庫(kù)文件下載到data文件夾下

這次使用wget命令成功下載，試著運(yùn)行軟件自帶數(shù)據(jù)成功

python emapper.py -i test/test_queries.fa --output out -m diamond --cpu 8
 

這個(gè)軟件是python2版本的，使用之前我先創(chuàng)建了一個(gè)python2的虛擬環(huán)境

conda create -n emapper python=2.7
conda activate emapper
 

以上是使用diamond做注釋，這個(gè)軟件還可以使用hmmer做注釋，印象里好像還得配置hmmer的數(shù)據(jù)庫(kù)。而且這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)文件非常大，而且數(shù)據(jù)庫(kù)文件有好幾個(gè)，這里我先不嘗試了。

同時(shí)這個(gè)軟件還有一個(gè)在線版 http://eggnogdb.embl.de/#/app/emapper

在線版運(yùn)行也很快，我之前試過(guò)兩萬(wàn)多條蛋白序列，基本上一個(gè)晚上就能得到結(jié)果eggnog-mapper軟件的安裝配置方法

軟件的詳細(xì)介紹

https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/83144768

感謝各位的閱讀，以上就是“eggnog-mapper軟件的安裝配置方法”的內(nèi)容了，經(jīng)過(guò)本文的學(xué)習(xí)后，相信大家對(duì)eggnog-mapper軟件的安裝配置方法這一問(wèn)題有了更深刻的體會(huì)，具體使用情況還需要大家實(shí)踐驗(yàn)證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關(guān)知識(shí)點(diǎn)的文章，歡迎關(guān)注！

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