生物信息學(xué)應(yīng)用軟件開發(fā)包Scikit-bio怎么用

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Scikit-bio（官方發(fā)音：sigh-kit-buy-oh） 是一個專門用于處理基因組數(shù)據(jù)的Python 開源程序包。這名字的來源估計是受Python的機器學(xué)習(xí)包：Scikit-learn的影響。從功能和風(fēng)格上看應(yīng)該算是SeqIO的Python版，對于熱愛Python，同時越來越受不了C++各種虐待的生信程序猿（比如說我）來說，Scikit-bio會是一個相當(dāng)不錯的選擇！

這個包由biocore成員主導(dǎo)開發(fā)，所有代碼都公開托管在github上，所有人都可以使用并參與開發(fā)。它提供了一整套與序列處理相關(guān)的API—把很多底層的操作都包裝了起來，包括為各個不同的基因組數(shù)據(jù)（如DNA，RNA，蛋白質(zhì)等）定義了一套完整的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、相關(guān)序列比對算法、系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建算法、數(shù)據(jù)可視化接口函數(shù)、統(tǒng)計學(xué)方法、輔助復(fù)雜流程搭建的方法，甚至還提供了一些生物信息學(xué)相關(guān)的教程資源等，這可以為很多下游應(yīng)用型的生物信息軟件的開發(fā)帶來很多的便利。

這個項目開始于2014年，現(xiàn)在雖然還處在alpha版本階段（當(dāng)前發(fā)布的最新版本是0.2.3），但是最近開發(fā)的活躍度越來越高。它的文檔庫也越來越豐富了，還是值得期待的。不過目前我也還沒有正式地和SeqIO對比過，所以對其在實際應(yīng)用中的性能來說也還沒有太多的把握。

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