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今天就跟大家聊聊有關如何進行一鍵批量計算ka和ks，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。
ParaAT安裝
1. 下載ParaAT2.0
（https://bigd.big.ac.cn/tools/paraat）
解壓后，“ParaAT.pl”是運行的腳本?？梢园呀鈮汉蟮穆窂郊尤氕h(huán)境變量，或者用腳本所在的絕對路徑來運行也可以。
2. 安裝所需的依賴工具，依賴工具需要加入環(huán)境變量
蛋白比對工具，推薦安裝muscle，比對效果相對最好，比對速度快，但
KaKs_Calculator (http://bigd.big.ac.cn/tools/kaks)
準備輸入文件
1. 同源基因列表，文件格式如下：
geneA1 geneA2 geneA3geneB1 geneB2 geneB3geneC1 geneC2 geneC3geneD1 geneD2 geneD3
每一行表示一組同源基因，每一列表示每個物種對應的基因。gene ID之間用tab符隔開。
2. fasta格式的蛋白序列文件和核酸序列文件，注意gene ID要與同源基因列表文件中的ID一致；
3. 多線程運行，指定線程數(shù)量的文件。
這個文件只需要寫入一個數(shù)字即可，表示有多少個線程同時運行。
三種示例文件可以在解壓的安裝包中找到，分別是：test.homologs, test.pep, test.cds, proc
運行ParaAT
運行代碼如下:
ParaAT.pl -h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc -m muscle -g -k -o result_dir
-h, 指定同源基因列表文件
-n, 指定核酸序列文件
-a, 指定蛋白序列文件
-p, 指定多線程文件
-m, 指定比對工具
-g, 去除比對有gap的密碼子
-k, 用KaKs_Calculator 計算kaks值
-o, 輸出結(jié)果的目錄
注：
1. 如果需要用PAML，Hyphy等工具分析kaks時，ParaAT也可以生成這些工具所需的輸入文件（-f 參數(shù)）
2. 如果是細菌的序列，需要設置成細菌對應的Genetic Code used （-c 11）。其他物種同理，默認的是The Standard Code （-c 1）
看完上述內(nèi)容，你們對如何進行一鍵批量計算ka和ks有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關內(nèi)容，請關注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。
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