在線分析scRNA-seq數(shù)據(jù)的PanglaoDB網(wǎng)站是怎么樣的

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用四個(gè)字形容單細(xì)胞技術(shù)最貼切的應(yīng)該是“火炎焱燚”

來(lái)自瑞典和美國(guó)的研究人員開發(fā)了 PanglaoDB數(shù)據(jù)庫(kù)，一個(gè)用于探索小鼠和人類scRNA-seq數(shù)據(jù)的網(wǎng)站，為單細(xì)胞組學(xué)研究提供最新的公共scRNA-seq數(shù)據(jù)資源。

PanglaoDB數(shù)據(jù)庫(kù)，包含了超過(guò)1054個(gè)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)的預(yù)處理和預(yù)計(jì)算分析，涵蓋了大多數(shù)主要的單細(xì)胞平臺(tái)和分析流程，基于來(lái)自各種組織和器官的超過(guò)400萬(wàn)個(gè)細(xì)胞。在線界面允許用戶查詢和探索細(xì)胞類型、遺傳途徑和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

為什么要構(gòu)建PanglaoDB？

PanglaoDB數(shù)據(jù)庫(kù)和功能概述

PanglaoDB能做什么？

搜索功能示例

瀏覽功能

Q：我想知道小鼠肺間質(zhì)中的細(xì)胞亞型？

A：點(diǎn)擊主菜單上的“Datasets”，再點(diǎn)擊“Samples”，可以添加限制條件：物種、測(cè)序平臺(tái)或表頭順序，得到搜索列表，點(diǎn)擊“view”可查看數(shù)據(jù)集的基本信息和該數(shù)據(jù)集的細(xì)胞聚類圖，使用t-SNE/UMAP進(jìn)行降維可視化，不同顏色代表不同的簇。

瀏覽功能示例（Samples）

Q：如何查看某個(gè)細(xì)胞亞群的細(xì)胞marker？

A：點(diǎn)擊主菜單上的“Datasets”，再點(diǎn)擊“Cell type markers”，選擇細(xì)胞類型，即可得到細(xì)胞類型的基因表達(dá)marker列表，綠色的行表示典型marker。發(fā)現(xiàn)細(xì)胞類型標(biāo)記不準(zhǔn)確，可通過(guò)flag按鈕發(fā)送錯(cuò)誤報(bào)告

瀏覽功能示例（Cell type markers）

數(shù)據(jù)下載

用戶可在Bulk data download頁(yè)面批量下載數(shù)據(jù)。

Bulk data download頁(yè)面

用戶還可以使用部署在數(shù)據(jù)庫(kù)上的alona工具進(jìn)行自有數(shù)據(jù)的分析。

以上就是在線分析scRNA-seq數(shù)據(jù)的PanglaoDB網(wǎng)站是怎么樣的，小編相信有部分知識(shí)點(diǎn)可能是我們?nèi)粘９ぷ鲿?huì)見(jiàn)到或用到的。希望你能通過(guò)這篇文章學(xué)到更多知識(shí)。更多詳情敬請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。