RNAmmer怎么用

發(fā)布時間：2022-01-05 15:55:14 來源：億速云閱讀：307 作者：iii 欄目：大數(shù)據(jù)

這篇文章主要講解了“RNAmmer怎么用”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“RNAmmer怎么用”吧！

RNAmmer為一款專門的rRNA預測工具，該軟件所使用的隱馬爾科夫模型的訓練數(shù)據(jù)集選用5S rRNA數(shù)據(jù)庫和歐洲r(nóng)RNA數(shù)據(jù)庫，具有極高的準確率。它既可以用來預測原核生物的5S、16S、23S rRNA，也可以用來預測真核生物的5S、5.8S、18S、28S Rrna，而且是不基于參考序列的從頭預測。

要想下載本地使用需首先在網(wǎng)站填寫姓名、郵箱、機構等信息進行申請，之后會將軟件下載鏈接會發(fā)送至郵箱。需要首先安裝 Hmmer ，然后 RNAmmer 軟件包下載解壓后就可使用。其使用方法如下所示：

rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -xml out.xml -gff out.gff -h out.hmmreport -f out.rRNA.fasta genome.fasta-S    指定輸入序列的物種所屬的界：古菌arc、細菌bac或真核euk；-m    所需要預測的rRNA種類：'tsu'為5/8s rRNA，'ssu'為16/18s rRNA，'lsu'為23/28s rRNA。如果全部進行預測，則設置為為'tsu,ssu,lsu'；-multi  并行運算，預測正反兩條鏈上所有的rRNA，最多并行運行6個計算，相當于-m lsu,ssu,tsu；-f    生成的rRNA的fasta結果文件名-h    生成的hmm結果報告文件名-gff    生成的rRNA的gff2文件名-xml  生成的xml結果文件名

對細菌基因組序列進行預測，如下所示：

rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -gff twk.rRNA.gff -f twk.rRNA.fasta -h twk.rRNA.hmmreport new.scaffolds.fasta

在gff和fasta文件中可以看到5S、16S、28S rRNA的預測結果及其序列，如下所示：

RNAmmer怎么用

在細菌基因組中，一般 23S rRNA 與 5S rRNA 是緊挨在一起的，而其與 16S 人RNA 之間則隔著較長的序列片段。

感謝各位的閱讀，以上就是“RNAmmer怎么用”的內容了，經(jīng)過本文的學習后，相信大家對RNAmmer怎么用這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！

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