怎么利用ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)尋找一個(gè)突變相關(guān)課題

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如何利用ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)尋找一個(gè)突變相關(guān)課題

科研假設(shè)

基因突變有很多種類型，其中核苷酸的插入有可能影響基因的蛋白的編碼。所以對(duì)于基因突變插入的研究是是很重要的。

對(duì)于實(shí)體腫瘤而言，很多腫瘤都處于一個(gè)環(huán)境當(dāng)中，例如消化道的三個(gè)腫瘤：食管、胃和腸。對(duì)于處于相同環(huán)境的腫瘤，其發(fā)病機(jī)制有可能是相同的。

綜上，我們就想研究插入突變對(duì)于消化道腫瘤的影響。

1. 三個(gè)腫瘤基因突變插入的影響

既然要研究三個(gè)腫瘤當(dāng)中插入突變的影響。那首先第一步我們就需要查看不同腫瘤當(dāng)中對(duì)于突變插入的影響。這里我們以食管癌舉例：

1.1 查看食管癌當(dāng)中插入突變的結(jié)果

在ICGC的數(shù)據(jù)庫(kù)的篩選欄當(dāng)中，我們?cè)?Donors中的樣本類型當(dāng)中選擇食管，在Mutations中的突變類型選擇插入。這樣就獲得食管癌當(dāng)中和插入突變有關(guān)的基因都有哪些。經(jīng)過(guò)篩選，我們發(fā)現(xiàn)有17,552個(gè)基因和插入突變有關(guān)。

1.2 插入突變基因基因特征分析

在知道了和食管癌相關(guān)的插入突變的結(jié)果之后，我們可以對(duì)這些結(jié)果先進(jìn)行一下簡(jiǎn)單的分析。

首先我們可以通過(guò)oncoplot來(lái)觀察突變的類型。

另外我們可以對(duì)這些有插入突變的基因進(jìn)行富集分析。觀察突變的這些基因主要影響什么功能。

在對(duì)這個(gè)結(jié)果進(jìn)行了簡(jiǎn)單的分析之后，我們可以保存這個(gè)基因集的結(jié)果，以便后續(xù)進(jìn)行的交叉分析。

重復(fù)以上篩選和分析的步驟，我們就可以分別得到三個(gè)癌種當(dāng)中對(duì)于插入突變相關(guān)基因的結(jié)果了。

2. 多癌種交叉分析

在????的數(shù)據(jù)篩選和分析過(guò)程當(dāng)中，我們可以獲得三個(gè)不同癌種當(dāng)中和插入突變有關(guān)的基因數(shù)據(jù)集。這個(gè)時(shí)候，我們可以對(duì)這三個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行交叉分析。來(lái)尋找和三個(gè)癌種都有關(guān)系的突變基因。

ICGC提供了交叉分析的入口。我們可以在Data Analysis當(dāng)中使用Set Operations來(lái)進(jìn)行交叉分析。在這里我們選擇Select就可以選擇數(shù)據(jù)集進(jìn)行交叉了。

在Select里面選擇我們之后篩選獲得的三個(gè)數(shù)據(jù)集。點(diǎn)擊Run即可獲得結(jié)果。

最終我們可以發(fā)現(xiàn)有269個(gè)基因的插入突變?cè)谌齻€(gè)癌當(dāng)中都有發(fā)生。

我們點(diǎn)擊結(jié)果當(dāng)中的269即可查看所有的這些269個(gè)基因是什么。

3.數(shù)據(jù)的進(jìn)一步分析

經(jīng)過(guò)上面的分析，我們發(fā)現(xiàn)了有269個(gè)基因的插入突變會(huì)影響。但是我們研究的話，不能把269個(gè)基因都進(jìn)行研究的。所以要挑選一個(gè)來(lái)進(jìn)行研究的。在269個(gè)基因當(dāng)中，有一些是反義鏈lncRNA。由于lncRNA也算比較火。所以我們就想要看哪個(gè)lncRNA的突變對(duì)于腫瘤有影響的。

所以我們?cè)?strong>基因類型里面選擇反義鏈。最后發(fā)現(xiàn)了有13個(gè)反義鏈的lncRNA和三個(gè)癌癥有關(guān)。

進(jìn)一步，為了說(shuō)明突變的重要性，我們查看一下這幾個(gè)基因插入突變對(duì)于預(yù)后的影響。最后發(fā)現(xiàn)DIAPH3-AS1這個(gè)lncRNA的插入突變影響腫瘤的預(yù)后。

上述就是小編為大家分享的怎么利用ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)尋找一個(gè)突變相關(guān)課題了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。