IARC TP53數(shù)據(jù)庫的示例分析

IARC TP53數(shù)據(jù)庫的示例分析，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個難題，下面小編將為大家詳細(xì)講解，有這方面需求的人可以來學(xué)習(xí)下，希望你能有所收獲。

TP53基因，也稱之為P53, 是一種抑癌基因，編碼一種分子量為53KDa的蛋白質(zhì)，介導(dǎo)細(xì)胞凋亡過程，通過介導(dǎo)癌細(xì)胞的凋亡過程，實現(xiàn)抑癌作用。作為最易突變和最重要的腫瘤抑制基因，TP53基因相關(guān)突變研究的非常全面和深入。IARC TP53 database收集整理里文獻(xiàn)發(fā)表和公共數(shù)據(jù)庫中收錄的TP53基因上的變異位點，數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下

http://p53.iarc.fr/Scope.aspx

該數(shù)據(jù)庫收錄了以下幾種TP53基因相關(guān)變異信息

1. 癌癥樣本中的somatic mutations

2. 癌癥患者，家屬以及對照的正常樣本中的germline mutations

3. human中常見的TP53多態(tài)位點

4. TP53突變蛋白的功能評級

5. 不同細(xì)胞系中TP53基因的突變信息

6. 小鼠模型中的TP53基因突變信息

7. 實驗證據(jù)支持的突變

   
   

同時還收錄腫瘤患者的臨床病理信息，生存數(shù)據(jù)等相關(guān)信息。通關(guān)官網(wǎng)的檢索系統(tǒng)可以靈活的檢索數(shù)據(jù)，最基本的檢索方式是利用突變位點的描述信息，示意如下

可以輸入一個或者多個不同水平的突變描述信息進(jìn)行檢索，以C.524G>A為例，檢索結(jié)果示意如下

給出了對應(yīng)的genomic, cDNA, protein3個水平的描述，對應(yīng)的外顯子位置，功能影響，和clinvar, cosmic, dbsnp, genomeAD等數(shù)據(jù)庫的鏈接。除此之外，也可以根據(jù)突變位點的不同特征進(jìn)行檢索，示意如下

可以根據(jù)堿基突變的類型，所處的外顯子，突變是否有害，染色體位置等多種條件進(jìn)行檢索，檢索結(jié)果的table形式和第一種檢索結(jié)果相同，對于多個檢索結(jié)果，可以查看其突變特征和在不同腫瘤中的分布

1. Mutation distribution

查看以下兩種信息的分布

1. Mutation type

2. Mutation effects

   
   

Mutation type的結(jié)果示意如下

Mutation effects的結(jié)果示意如下

2. Tumor  distribution

查看somatic mutations和germline mutations在各種腫瘤上的分布，結(jié)果以柱狀圖展現(xiàn)，結(jié)果示意如下

如果需要深入研究TP53基因的相關(guān)突變，該數(shù)據(jù)庫非常值得參考。

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