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染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫4DGenome是怎樣的

發(fā)布時(shí)間：2022-01-04 17:54:49 來源：億速云 閱讀：133 作者：柒染 欄目：大數(shù)據(jù)

本篇文章給大家分享的是有關(guān)染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫4DGenome是怎樣的，小編覺得挺實(shí)用的，因此分享給大家學(xué)習(xí)，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。

4DGenome是一個(gè)染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫，采用了文獻(xiàn)檢索和軟件預(yù)測兩種手段來得到染色質(zhì)相互作用，收錄了來自5個(gè)不同物種共7百多萬條互作記錄，網(wǎng)址如下

https://4dgenome.research.chop.edu/

涵蓋的5個(gè)物種列表如下

  1. Homo sapiens(hg19)

  2. Mus musculus(mm9)

  3. Drosophila melanogaster(dm3)

  4. Plasmodium falciparum(3D7)

  5. Saccharomyces cerevisiae(sacCer3)


該數(shù)據(jù)庫中收錄的染色質(zhì)互作信息來源于以下多種技術(shù)手段

  1. 3C

  2. 4C

  3. 5C

  4. Capture-C

  5. ChIA-PET

  6. Hi-C

  7. IM-PET


不同物種和不同技術(shù)手段對應(yīng)的數(shù)量顯示如下

染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫4DGenome是怎樣的

輸入基因組區(qū)域或者基因名稱，都可以檢索相關(guān)信息，檢索框示意如下

染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫4DGenome是怎樣的

檢索結(jié)果如下所示

染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫4DGenome是怎樣的

點(diǎn)擊Details可以查看詳細(xì)的互作信息，InteractorA和InteractorB給出了互作的兩個(gè)染色質(zhì)區(qū)域的位置信息，Agene和Bgene表示與互作區(qū)域存在overlap的基因名稱, Contact Frequency表示互作頻率，LInk鏈接的是pubmed數(shù)據(jù)庫，可以查看對應(yīng)的具體文獻(xiàn)。

通過該數(shù)據(jù)庫，可以檢索多個(gè)物種的染色質(zhì)互作信息。

以上就是染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫4DGenome是怎樣的，小編相信有部分知識點(diǎn)可能是我們?nèi)粘９ぷ鲿姷交蛴玫降?。希望你能通過這篇文章學(xué)到更多知識。更多詳情敬請關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。

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