Cistrome DB數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

這篇文章主要介紹了Cistrome DB數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用，具有一定借鑒價(jià)值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

Cistrome的目標(biāo)是提供一個(gè)基因組順式作用元件分析的綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)，通過收集來(lái)自GEO,ENCODE等公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的chip_seq,  DNase_seq, ATAC_seq 原始數(shù)據(jù)，采用統(tǒng)一的分析方法，用bwa比對(duì)參考基因組，然后采用macs2進(jìn)行peak calling, 將分析的結(jié)果加以整合，做成了在線數(shù)據(jù)庫(kù)，整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建過程和功能模塊示意如下

網(wǎng)址如下

http://cistrome.org/db/

該數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的人和小鼠的相關(guān)數(shù)據(jù)匯總?cè)缦?/p>

從數(shù)量來(lái)看，cistrome可以說的上是收錄的chip類型最多的數(shù)據(jù)庫(kù)了。

通過首頁(yè)的檢索工具，我們可以查看特定數(shù)據(jù)分析結(jié)果，可以通過關(guān)鍵詞檢索，也可以通過物種，來(lái)源，因子類型一步步限定搜索范圍，示意如下

在檢索結(jié)果中勾選感興趣的數(shù)據(jù)集，可以查看詳細(xì)信息，以一個(gè)CTCF轉(zhuǎn)錄因子的chip數(shù)據(jù)為例，結(jié)果包含以下幾個(gè)部分

1. QC  report

數(shù)據(jù)的QC情況，包括unique mapping比例，PBC, FRiP, peak在exon等基因組區(qū)域的分布比例等，示意如下

2. motif

motif分析結(jié)果，示意如下

點(diǎn)擊每個(gè)motif的編號(hào)，可以查看詳細(xì)信息，示意如下

3. putative  target gene

潛在的靶基因，示意如下

同時(shí)還可以在基因組瀏覽器中查看數(shù)據(jù)的分布，也可以下載分析的結(jié)果文件，示意如下

ToolKit菜單則提供了更加豐富的分析工具，具體如下

1. 輸入基因名稱， 查看有哪些轉(zhuǎn)錄因子可能調(diào)控該基因

2. 輸入基因組區(qū)域，查看有哪些轉(zhuǎn)錄因子可能結(jié)合在該區(qū)域

3. 輸入peak結(jié)果，查看哪些轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)果與你的輸入結(jié)果有明顯的overlap,可以用于轉(zhuǎn)錄因子的colocation分析

   
   

以第一個(gè)功能為例，輸入基因，確定TSS上下游的范圍作為潛在的調(diào)控區(qū)域，然后提交運(yùn)行即可

除了table格式的結(jié)果外，還提供了圖片形式的結(jié)果展現(xiàn)，示意如下

感謝你能夠認(rèn)真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“Cistrome DB數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用”這篇文章對(duì)大家有幫助，同時(shí)也希望大家多多支持億速云，關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識(shí)等著你來(lái)學(xué)習(xí)!