LncACTdb數(shù)據(jù)庫有什么用

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ceRNA是近年來研究的非?；馃岬囊环N調(diào)控機(jī)制，指的是不同RNA分子競爭性的結(jié)合miRNA,  通過這種競爭關(guān)系來調(diào)控不同RNA的表達(dá)，這里的RNA分子可以是mRNA, lncRNA, 甚至是pseudogene。

LncATCdb數(shù)據(jù)庫記錄了疾病相關(guān)的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，并提供了功能富集分析，網(wǎng)絡(luò)圖可視化，生存分析等結(jié)果，網(wǎng)址如下

http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html

該數(shù)據(jù)庫中的內(nèi)容分成以下兩個(gè)部分

1. predicted data

2. experimental data

軟件預(yù)測和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證兩類，軟件預(yù)測指的是利用miRanda等軟件預(yù)測lncRNA-miRNA的相互作用，然后去分析ceRNA;而實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證主要是從文獻(xiàn)中整理出來的ceRNA信息。

以軟件預(yù)測的結(jié)果為例，檢索結(jié)果示意如下

點(diǎn)擊Detail可以查看詳細(xì)信息，包含以下信息

1. 基本信息

構(gòu)成該ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的各種RNA分析的名字，相關(guān)的疾病等信息，示意如下

除此之外，還包含了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA相互作用的詳細(xì)結(jié)果。lncRNA與miRNA的相互作用使用下圖中的幾個(gè)軟件進(jìn)行預(yù)測

mRNA-miRNA的相互作用從數(shù)據(jù)庫中得到，示意如下

2. ceRNA網(wǎng)絡(luò)可視化

結(jié)果示意如下，采用了圓環(huán)的布局來展示構(gòu)成了ceRNA關(guān)系的lncRNA與mRNA, 由于二者共同結(jié)合的miRNA數(shù)量很多，所以在圖中并沒有展示miRNA。

3.  功能富集

對(duì)于與lncRNA構(gòu)成ceRNA關(guān)系的蛋白編碼基因，進(jìn)行GO和KEGG富集分析，結(jié)果示意如下

4. 疾病標(biāo)記物

5.  生存分析

對(duì)于ceRNA網(wǎng)絡(luò)中的各種RNA分子，利用TCGA數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)，進(jìn)行疾病的生存分析，結(jié)果示意如下

除此之外，該數(shù)據(jù)庫還提供了一種在線工具lncACT-Get, 可以上傳自己的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，然后進(jìn)行ceRNA分析。

該數(shù)據(jù)庫中的信息是可以免費(fèi)下載的， 提供了以下8種信息

實(shí)驗(yàn)證據(jù)支持的ceRNA文件內(nèi)容示意如下

通過該數(shù)據(jù)庫，可以得到已有的ceRNA關(guān)系，更方便的是，由于數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)存儲(chǔ)了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA之間的相互作用關(guān)系, 我們可以上傳自己的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，通過在線工具在識(shí)別新的ceRNA網(wǎng)絡(luò)。

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