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本篇文章給大家分享的是有關(guān)RNA二級結(jié)構(gòu)表示法Dot-Bracket notation如何理解，小編覺得挺實(shí)用的，因此分享給大家學(xué)習(xí)，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。
對于預(yù)測到的novel miRNA,也就是新的miRNA, 我們會想要知道其二級結(jié)構(gòu)。對于RNA的二級結(jié)構(gòu)，最直觀的肯定是用圖片表示，示意如下
上圖表示的是一個miRNA前體，即pri-miRNA, 有一個典型的莖環(huán)結(jié)構(gòu)，除此之外，其他的堿基都是互補(bǔ)配對的。
圖片對于分析人員是特別直觀的，但是對于軟件而言，就無法識別了。為了讓程序識別RNA二級結(jié)構(gòu)，專門開發(fā)出了一種表示方式，用點(diǎn)號和括號這兩種符號來表示對應(yīng)的二級結(jié)構(gòu)。
該表示方法就稱之為dot-bracket notation, 其核心思想是利用配對的括號來表示堿基的互補(bǔ)配對，用連續(xù)的點(diǎn)號來表示莖環(huán)結(jié)構(gòu)，對于下圖所示的二級結(jié)構(gòu)
對應(yīng)的表達(dá)式如下
(((..((((...)))).)))
從第一個黑色圓點(diǎn)對應(yīng)的堿基開始，一開始是3個配對堿基，所以先用3個(表示，接下來是莖環(huán)結(jié)構(gòu)中未配對的兩個堿基，用2個.表示，然后是4個配對堿基，再然后是未配對的3個堿基，再往后的配對堿基與前面左括號(表示的堿基相配對，所以用右括號)表示。
這種表示方式只采用了兩種符號，而且都是計算機(jī)可以識別的符號，所以軟件也可以識別，在很多軟件和數(shù)據(jù)庫中，給出的二級結(jié)構(gòu)都會用這種方式來表示。
以上就是RNA二級結(jié)構(gòu)表示法Dot-Bracket notation如何理解，小編相信有部分知識點(diǎn)可能是我們?nèi)粘９ぷ鲿姷交蛴玫降摹ＯＭ隳芡ㄟ^這篇文章學(xué)到更多知識。更多詳情敬請關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。
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