MirSNP數(shù)據(jù)庫有什么用

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在SNP研究領(lǐng)域，通過GWAS或者eQTL等手段，發(fā)現(xiàn)了大量與疾病或者某種復(fù)雜性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)，而這些SNP的具體功能還需要進(jìn)一步分析和挖掘。有科學(xué)家發(fā)現(xiàn)，SNP位點(diǎn)可以通過影響miRNA,從而引起疾病的發(fā)生與發(fā)展，所以研究miRNA相關(guān)的SNP位點(diǎn)是非常有意義的。

MirSNP數(shù)據(jù)庫就是一個(gè)存儲(chǔ)了miRNA相關(guān)SNP位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

http://bioinfo.bjmu.edu.cn/mirsnp/search/

該數(shù)據(jù)庫中包含兩種miRNA相關(guān)的SNP位點(diǎn)，一種是位于pre-miRNA的gene上的SNP位點(diǎn)，這些SNP位點(diǎn)直接對(duì)miRNA的生成產(chǎn)生影響，分析過程示意如下

直接根據(jù)miRNA前體基因的染色體位置進(jìn)行查找，篩選出位于該區(qū)域的SNP位點(diǎn)。

另外一種就是一開始討論的位于miRNA集合區(qū)域的SNP位點(diǎn)，這些SNP位點(diǎn)可能會(huì)對(duì)miRNA與mRNA的結(jié)合造成影響, 分析過程示意如下

根據(jù)miranda軟件預(yù)測(cè)的miRNA結(jié)合區(qū)域信息，查找位于結(jié)合區(qū)域內(nèi)的SNP位點(diǎn)。

官網(wǎng)提供了多種檢索功能，以single search為例進(jìn)行說明，搜索框如下

支持Gene, mRNA, SNP, miRNA多種查詢數(shù)據(jù)，可以根據(jù)不同人群中的MAF頻率對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行篩選，Bingding map會(huì)顯示miRNA和mRNA結(jié)合區(qū)域的詳細(xì)信息， 檢索結(jié)果如下所示

mirSVR是mirRanda軟件給出的miRNA結(jié)合的打分值，Effect是分析SNP位點(diǎn)對(duì)miRNA集合的影響，create代表SNP發(fā)生導(dǎo)致mRNA上擁有了miRNA結(jié)合位點(diǎn)，enhance代表SNP發(fā)生導(dǎo)致了miRNA結(jié)合區(qū)域更加穩(wěn)定，break代表SNP發(fā)生會(huì)導(dǎo)致失去了miRNA結(jié)合位點(diǎn)，decrease代表SNP發(fā)生導(dǎo)致miRNA集合區(qū)域穩(wěn)定性下降。

Score值是miRanda給出的miRNA結(jié)合區(qū)域穩(wěn)定性的打分，數(shù)值越大，代表miRNA與mRNA結(jié)合形成的復(fù)合體結(jié)構(gòu)越穩(wěn)定，Energy代表復(fù)合體的自由能，conservation代表結(jié)合區(qū)域保守性的打分。

這個(gè)數(shù)據(jù)庫依賴的miRBase, dbSNP數(shù)據(jù)庫的版本示意如下

在現(xiàn)在看來，版本都比較舊了，但是它的分析思路仍然值得參考，我們可以利用新版本數(shù)據(jù)庫中的信息，自己整理出miRNA相關(guān)的SNP位點(diǎn)信息。

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