TransmiR數(shù)據(jù)庫有什么用

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mRNA可以翻譯成各種功能的蛋白，其中有一類研究調(diào)控蛋白研究的非?；馃?，即轉(zhuǎn)錄因子transcription factor, 簡稱TF,TF參與調(diào)控轉(zhuǎn)錄起始過程，是研究轉(zhuǎn)錄調(diào)控必不可少的一環(huán)。miRNA可以與mRNA結(jié)合，發(fā)揮轉(zhuǎn)錄后調(diào)控功能, 二者都是生物體內(nèi)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的重要組成部分。

對于生物體內(nèi)的調(diào)控關(guān)系，研究的比較多的是TF-mRNA, miRNA-mRNA之間的調(diào)控。TF其實(shí)也是可以調(diào)控miRNA的轉(zhuǎn)錄過程的，而TransmiR就是一個(gè)從文獻(xiàn)中整理得到的轉(zhuǎn)錄因子和miRNA之間調(diào)控關(guān)系的數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

http://www.cuilab.cn/transmir

在該數(shù)據(jù)庫中，將支持Tf-miRNA的證據(jù)分成了以下3類

1. level1

2. level2

3. literature

   
   

各個(gè)層次證據(jù)的數(shù)據(jù)量統(tǒng)計(jì)如下

該數(shù)據(jù)庫覆蓋了多個(gè)物種中的TF-miRNA信息，各物種對應(yīng)的數(shù)據(jù)量如下所示

通過官網(wǎng)的Search功能，可以根據(jù)miRNA或者TF進(jìn)行檢索，示意如下

點(diǎn)擊對應(yīng)的TF和miRNA, 可以查看詳細(xì)信息，miRNA示意如下

該數(shù)據(jù)庫與HMDD是同一個(gè)團(tuán)隊(duì)開發(fā)的，所以在該數(shù)據(jù)中集成了miRNA相關(guān)的疾病信息。

通過Network功能，可以查看TF-miRNA調(diào)控關(guān)系的網(wǎng)絡(luò)圖，如下所示

官網(wǎng)還提供了predict功能，用于預(yù)測指定的TF和miRNA之間的調(diào)控關(guān)系，示意如下

根據(jù)TF對應(yīng)的motif信息，查找潛在結(jié)合位點(diǎn)附近的miRNA。

該數(shù)據(jù)庫的信息是可以免費(fèi)下載的，通過該數(shù)據(jù)庫，可以方便的研究TF-miRNA的調(diào)控關(guān)系。

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