TargetScan數(shù)據(jù)庫有什么用

這篇文章給大家分享的是有關(guān)TargetScan數(shù)據(jù)庫有什么用的內(nèi)容。小編覺得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，一起跟隨小編過來看看吧。

哺乳動(dòng)物中的miRNA通過結(jié)合轉(zhuǎn)錄本序列的3’UTR區(qū)，從而發(fā)揮轉(zhuǎn)錄后調(diào)控作用。TargetScan是一個(gè)專門分析哺乳動(dòng)物miRNA靶基因的軟件，并且根據(jù)已有的分析結(jié)果整理成了數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

http://www.targetscan.org/vert_72/

根據(jù)不同的代表物種，分成以下幾個(gè)子數(shù)據(jù)庫

1. TargetScanHuman

2. TargetScanMouse

3. TargetScanFly

4. TargetScanWorm

5. TargetScanFish

   
   

在預(yù)測miRNA靶基因之前，首先需要確定轉(zhuǎn)錄本的3’UTR區(qū)域，該數(shù)據(jù)庫通過一種名為3P-seq的測序技術(shù)，確定轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)的3’UTR區(qū)，該技術(shù)原理示意如下

并且結(jié)合該技術(shù)的分析結(jié)果和NCBI中已有的3’UTR注釋，提供一個(gè)綜合的3’UTR區(qū)序列。

我們都知道m(xù)iRNA在不同物種間具有保守性，通過預(yù)測不同物種的miRNA靶標(biāo)位點(diǎn)，targetscan的開發(fā)團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)其結(jié)合位點(diǎn)也具有一定的保守性，可以劃分成以下幾類

進(jìn)一步根據(jù)結(jié)合區(qū)域的特定和miRNA的多序列比對結(jié)果，劃分成不同的miRNA family, 通過以下鏈接可以查詢targetscan整理的miRNA family信息

http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_72/mirna_families.cgi?db=vert_72&species=Human

根據(jù)序列在不同物種間的保守性，將miRNA  family劃分成以下4類

1. broadly conserved

2. conserved

3. poorly conserved

4. other mirbase annotations

   
   

以TargetScanHuman為例，檢索界面如下

在該數(shù)據(jù)庫中, 還包含其他物種的miRNA靶基因信息，比如mouse, 那么在TargetScanHuman和TartgetScanMouse中查詢到的小鼠miRNA靶基因信息是否一致呢？

當(dāng)然是不一致的，官方的說法是兩個(gè)數(shù)據(jù)庫中確定3’UTR區(qū)域的方式不同，對于TargetScanhuman中的human而言，直接用human的3’UTR區(qū)域，對于mouse而言，通過同源序列比對的方式確定其3’UTR區(qū)域，用human的3’UTR序列和mouse的轉(zhuǎn)錄本比對，比對上的區(qū)域則為mouse的3’UTR區(qū)。

對于搜索功能，有以下3種用法

1. 檢索基因

支持gene symbol和Emsembl id兩種格式，檢索結(jié)果示意如下

給出這個(gè)基因?qū)?yīng)的多個(gè)轉(zhuǎn)錄本和對應(yīng)的3’UTR區(qū)長度，點(diǎn)擊每個(gè)轉(zhuǎn)錄本ID可以查看該轉(zhuǎn)錄本上的miRNA結(jié)合位點(diǎn)。

2，檢索轉(zhuǎn)錄本

支持Emsembl transcript id, 檢索結(jié)果示意如下

首先用一張圖來總體描述該轉(zhuǎn)錄本上的miRNA結(jié)合位點(diǎn)，具體的結(jié)合區(qū)域信息以表格形式展示，如下所示

3.  檢索miRNA

根據(jù)miRNA  family的名字進(jìn)行檢索，結(jié)果示意如下

除了在線檢索，官網(wǎng)也提供了下載功能，同時(shí)提供了數(shù)據(jù)和軟件，鏈接如下

http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/data_download.vert72.cgi

通過TargetScan, 可以方便的檢索哺乳動(dòng)物中的miRNA靶基因信息。