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這篇文章主要介紹GeneMark-ES軟件有什么用，文中介紹的非常詳細(xì)，具有一定的參考價(jià)值，感興趣的小伙伴們一定要看完！
GeneMark-ES軟件用于預(yù)測真核生物中的蛋白編碼基因，和其他預(yù)測基因結(jié)構(gòu)的軟件不同，它采用的是非監(jiān)督算法，可以不依賴訓(xùn)練集進(jìn)行預(yù)測。官網(wǎng)如下
http://exon.biology.gatech.edu/GeneMark/gmes_instructions.html
安裝過程如下：
wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_lqacT/gm_key_64.gz wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_lqacT/gm_et_linux_64.tar.gz tar xzvf gm_et_linux_64.tar.gz gunzip gm_key_64.gz cp ../../gm_key_64 ~/.gm_key
gm_key文件是軟件的通行證，需要拷貝到家目錄下，軟件本身只需要解壓縮就可以了。
基本用法如下
gmes_petap.pl --ES --cores 10--sequence genome.fa
gmes_petap.pl本身整合了geneMark-ES和geneMark-ET兩個功能，genemark-ES用于基因組數(shù)據(jù)的預(yù)測，geneMark-ET用于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的預(yù)測。
--ES表示采用genemark-ES算法，--cores指定并行的CPU個數(shù)，--sequence指定輸入的fasta格式的序列。
對于真菌，有專門的參數(shù)，示例如下
gmes_petap.pl --fungus --cores 10--sequence genome.fa
默認(rèn)配置下，輸出文件名為genemark.gtf, 保存在軟件的安裝目錄，采用GTF格式來記錄基因的結(jié)構(gòu)信息。
以上是“GeneMark-ES軟件有什么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！希望分享的內(nèi)容對大家有幫助，更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！
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