如何安裝Augustus

小編給大家分享一下如何安裝Augustus，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

。Augusust是一款預測真核生物基因結(jié)構(gòu)的軟件,官網(wǎng)如下：

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/

主要介紹該軟件的安裝過程，這個軟件依賴很多其他軟件，安裝過程比較繁瑣。這里我通過一個最基本的centos的docker 鏡像進行演示,首先啟動centos容器，命令如下

docker run -i -t --rm centos

1. 安裝必須的庫文件

yum install -y gcc gcc-c++ make automake
yum install -y boost boost-devel boost-doc
yum install -y zlib zlib-devel ncurses-devel bzip2-devel xz-devel
yum install -y git

2. 安裝cmake

要求cmake的版本必須大于3.6,安裝過程如下

curl -o  cmake-3.12.0.tar.gz  https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.0.tar.gz
tar xzvf cmake-3.12.0.tar.gz
cd cmake-3.12.0
./bootstrap
make
make install

3. 安裝bamtools

必須從github上下載最新版，安裝過程如下

git clone https://github.com/pezmaster31/bamtools
cd bamtools/
mkdir build && cd build
cmake ../
make
make install

4. 安裝hitslib

git clone https://github.com/samtools/htslib
cd htslib/
autoheader
autoconf
./configure
make
make install

5. 安裝samtools

git clone https://github.com/samtools/samtools
cd samtools/
autoheader
autoconf
./configure
make
make install

6. 安裝bcftools

git clone https://github.com/samtools/bcftools
cd bcftools
autoheader
autoconf
./configure
make
make install

7. 安裝tabix

git clone https://github.com/samtools/tabix
cd tabix/
make

8. 安裝augustus

首先設(shè)置htslib, samtools, bcftools, tabix 的安裝目錄，要求這些軟件安裝在同一個目錄下，結(jié)構(gòu)如下

tools/
├── bcftools
├── htslib
├── samtools
└── tabix

設(shè)置環(huán)境變量TOOLDIR, 命令如下

export TOOLDIR="/tools"

設(shè)置好之后，安裝augustus的命令如下

wget http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.3.1.tar.gz
tar xzvf augustus-3.3.1.tar.gz
cd augustus-3.3.1/
make
make install

至此，安裝才算成功。

以上是“如何安裝Augustus”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！