soapdenovo2怎么安裝配置

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soapdenovo是由華大開(kāi)發(fā)的組裝工具，主要用于動(dòng)植物基因組等大型基因組的組裝，也可以用于細(xì)菌/真菌基因組組裝。對(duì)于大型基因組裝而言，需要的硬件資源特別多，建議內(nèi)存在150G以上。

安裝過(guò)程如下

wget https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2/archive/r241.tar.gz
tar xzvf r241.tar.gz
cd SOAPdenovo2-r241/
make

編譯成功后，會(huì)生成如下3個(gè)可執(zhí)行文件

1. SOAPdenovo-63mer

2. SOAPdenovo-127mer

3. SOAPdenovo-fusion

前2個(gè)可執(zhí)行文件用于組裝, 63mer代表支持的kmer最大長(zhǎng)度為63，127mer代表支持的kmer最大長(zhǎng)度為127，除了支持的kmer長(zhǎng)度不同外，其他用法完全
相同。

SOAPdenovo由以下幾個(gè)子命令構(gòu)成

1. pregraph

2. sparse_pregraph

3. contig

4. map

5. scaff

6. all

   
   

前5個(gè)子命令對(duì)應(yīng)了soapdenovo組裝的5個(gè)步驟，all命令表示一次執(zhí)行以上的5個(gè)步驟；在組裝時(shí)，既可以依次執(zhí)行每一個(gè)步驟，也可以直接使用all命令，一次運(yùn)行所有步驟。

soapdenovo需要一個(gè)配置文件，配置文件分成兩個(gè)部分，全局配置和每個(gè)文庫(kù)的配置。全局配置目前只有一個(gè)參數(shù)max_rd_len, 如果序列大于該長(zhǎng)度，會(huì)被切成該長(zhǎng)度，然后在分析。

每個(gè)文庫(kù)的配置以[LIB]開(kāi)頭，主要指定輸入文件的路徑，支持多種格式的輸入文件，用不同的前綴表示， q代表輸入序列為fastq格式；f代筆輸入序列為fasta格式，b代表輸入文件為bam格式，對(duì)于雙端數(shù)據(jù)，分別用后綴1和2表示R1端和R2端的reads。

除了輸入文件路徑外，還包含以下幾個(gè)參數(shù)的設(shè)置

1. avg_ins
   文庫(kù)插入片段的平均長(zhǎng)度，在實(shí)際設(shè)置時(shí)，可以參考文庫(kù)size分布圖，取峰值即可

2. reverse_seq
   是否需要將序列反向互補(bǔ)，對(duì)于pair-end數(shù)據(jù)，不需要反向互補(bǔ)，設(shè)置為0；對(duì)于mate-pair數(shù)據(jù)，需要反向互補(bǔ)，設(shè)置為1

3. asm_flags
   1表示只組裝contig. 2表示只組裝scaffold,3表示同時(shí)組裝contig和scaffold,4表示只補(bǔ)gap

4. rd_len_cutof
   序列長(zhǎng)度閾值，作用和max_rd_len相同，大于該長(zhǎng)度的序列會(huì)被切除到該長(zhǎng)度

5. rank
   設(shè)置不同文庫(kù)數(shù)據(jù)的優(yōu)先級(jí)順序，取值范圍為整數(shù)，rank值相同的多個(gè)文庫(kù)，在組裝scaffold時(shí)，會(huì)同時(shí)使用。

6. pair_num_cutoff
   contig或者scaffold之前的最小overlap個(gè)數(shù)，對(duì)于pair-end數(shù)據(jù)，默認(rèn)值為3；對(duì)于mate-paird數(shù)據(jù)，默認(rèn)值為5

7. map_len
   比對(duì)長(zhǎng)度的最小閾值，對(duì)于pair-end數(shù)據(jù)，默認(rèn)值為32；對(duì)于mate-pair數(shù)據(jù)，默認(rèn)值為35

   
   

配置文件示例如下

max_rd_len=100
[LIB]
avg_ins=200
reverse_seq=0
asm_flags=3
rd_len_cutoff=100
rank=1
q1=fastq1_read_1.fq
q2=fastq1_read_2.fq

軟件基本用法如下

SOAPdenovo-63mer all -s config_file -K 63 -R -o graph_prefix

運(yùn)行成功后，會(huì)生成很多文件，其中有兩個(gè)文件是組裝的結(jié)果，后綴分別為contig和scafSeq，對(duì)應(yīng)contig和scaffold。

到此，關(guān)于“soapdenovo2怎么安裝配置”的學(xué)習(xí)就結(jié)束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實(shí)踐的搭配能更好的幫助大家學(xué)習(xí)，快去試試吧！若想繼續(xù)學(xué)習(xí)更多相關(guān)知識(shí)，請(qǐng)繼續(xù)關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編會(huì)繼續(xù)努力為大家?guī)?lái)更多實(shí)用的文章！