串聯(lián)重復(fù)序列查找工具Tandem Repeats Finder如何理解

本篇文章給大家分享的是有關(guān)串聯(lián)重復(fù)序列查找工具Tandem Repeats Finder如何理解，小編覺(jué)得挺實(shí)用的，因此分享給大家學(xué)習(xí)，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話(huà)不多說(shuō)，跟著小編一起來(lái)看看吧。

Tandem Repeats Finder, 簡(jiǎn)稱(chēng)TRF, 是一款串聯(lián)重復(fù)序列查找工具，repeatmasker 程序中就整合了這個(gè)軟件。

通過(guò)官網(wǎng)的在線(xiàn)服務(wù)，可以快速掌握該軟件的用法，提供了3種選擇，示意圖如下，這三種選項(xiàng)的區(qū)別在于可調(diào)整參數(shù)的多少，我們先用默認(rèn)參數(shù)運(yùn)行看下

點(diǎn)擊Basic鏈接，跳轉(zhuǎn)到如下頁(yè)面，上傳對(duì)應(yīng)的fasta格式的序列文件，或者在文本框中粘貼對(duì)應(yīng)的序列，然后點(diǎn)擊Submit sequence按鈕，進(jìn)行提交

在跳轉(zhuǎn)鏈接中，點(diǎn)擊下方紅色框區(qū)域，查看分析的結(jié)果

1. 所有序列的結(jié)果匯總

在該頁(yè)面會(huì)列出所有檢測(cè)到了重復(fù)序列區(qū)域的序列ID, 點(diǎn)擊每條序列的名稱(chēng)，會(huì)跳轉(zhuǎn)到該序列的詳細(xì)頁(yè)面

2. 一條序列上的所有重復(fù)區(qū)域匯總

在該頁(yè)面，會(huì)以表格的形式，給出一條序列上所有重復(fù)序列的匯總情況，點(diǎn)擊Table Explanation, 可以查看表頭的詳細(xì)解釋?zhuān)稽c(diǎn)擊第一列的重復(fù)區(qū)域的ID, 可以跳轉(zhuǎn)到詳細(xì)頁(yè)面

3. 重復(fù)序列詳細(xì)頁(yè)面

在該頁(yè)面，會(huì)給出重復(fù)區(qū)域的序列信息，示意如下，可以看到，是一段以ACTC作為motif的重復(fù)區(qū)域

除了在線(xiàn)服務(wù)，也可以下載軟件本地運(yùn)行，下載鏈接如下

https://tandem.bu.edu/trf/trf.download.html

對(duì)于linux服務(wù)器，下載完成后建議重命名文件，方便調(diào)用，代碼如下

chmod +x trf409.linux64
ln -s trf409.linux64 trf

該軟件的用法如下

trf  /home/xudl/soft/SSRIT/input.fasta 2 7 7 80 10 50 500 -f -d -m

這里我全部采用了默認(rèn)參數(shù)，運(yùn)行成功后，在當(dāng)前目錄，會(huì)生成很多的文件，其中的html文件和官網(wǎng)的結(jié)果是一致的，直接查看html文件就可以了。

以上就是串聯(lián)重復(fù)序列查找工具Tandem Repeats Finder如何理解，小編相信有部分知識(shí)點(diǎn)可能是我們?nèi)粘９ぷ鲿?huì)見(jiàn)到或用到的。希望你能通過(guò)這篇文章學(xué)到更多知識(shí)。更多詳情敬請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。