minfi是什么

小編給大家分享一下minfi是什么，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

minfi 是一個用于分析DNA 甲基化芯片的R包。官網(wǎng)如下：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/minfi.html

如果要用這個包進行分析，首先需要在R中將我們的芯片數(shù)據(jù)讀取進來，就是常說的import data。對于minfi 來說，其設(shè)計思路是通過讀取SampleSheet.csv 文件，在事先約定好的目錄結(jié)構(gòu)中查找所有樣本的原始數(shù)據(jù)，來自動化的讀取所有樣本的信息。

在illumina 的官方網(wǎng)站，我們可以找到對應(yīng)的SampleSheet 文件的模板和測試數(shù)據(jù)集

1. 850K：

   https://support.illumina.com/array/array_kits/infinium-methylationepic-beadchip-kit/downloads.html

2. 450K ：

   https://support.illumina.com/array/array_kits/infinium_humanmethylation450_beadchip_kit/downloads.html

450K 芯片的SampleSheet.csv 模板示例如下：

在SampelSheet 文件中, 開頭的幾行是注釋信息，[Data] 下面的樣本的基本信息。

一張甲基化芯片上最多可以有12個樣本，每個樣本根據(jù)Sentrix_Position 標(biāo)識， 當(dāng)樣本個數(shù)大于12個時，必然需要另外一張芯片，對于每張芯片，使用Sentrix_ID標(biāo)識。minfi 就是通過 Sentrix_ID 和  Sentrix_Position 這兩個字段來查找樣本的原始數(shù)據(jù)。

對于每個樣本，會有兩個.idat 文件，基于示例的SampleSheet.csv 文件，對應(yīng)的文件名稱為

200514040030_R01C01_Grn.idat
200514040030_R02C01_Red.idat

我們只需要整理成如下所示的目錄結(jié)構(gòu)就可以了

SampleSheet.csv
Sentrix_ID/
├── Sentrix_ID_Sentrix_Position.Grn.idat
└── Sentrix_ID_Sentrix_Position.Red.idat

SampleSheet.csv 文件在第一層，然后是每張芯片對應(yīng)的的Sentrix_ID 是一個目錄，在每個Sentrix_ID目錄下，是該芯片上樣本的原始數(shù)據(jù)，文件名稱為 Sentrix_ID_Sentrix_Position.Grn.idat這種格式。

minfi 讀取數(shù)據(jù)

整理SampleSheet.csv 文件和對應(yīng)的目錄結(jié)構(gòu)之后，就可以在R中進行讀取了。

read.metharray.sheet 函數(shù)讀取SampleSheet.csv 文件， 第一個參數(shù)為該文件所在的目錄，第二個參數(shù)為文件的名稱，支持正則表達式，如果不習(xí)慣正則，直接指定為對應(yīng)的文件名稱就好了。

 

read in the sample sheet for the experiment

targets <- read.metharray.sheet(dataDirectory, pattern=”SampleSheet.csv”)

read.metharray.exp 函數(shù)讀取樣本的.idat 文件，參數(shù)read.metharraty.sheet返回的對象

 

read in the raw data from the IDAT files

rgSet <- read.metharray.exp(targets=targets)

通過上面兩步，就實現(xiàn)了數(shù)據(jù)的讀取。

以上是“minfi是什么”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！