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awk命指定分隔符輸出字符串///使用bgzip遇到的報錯是怎樣的，相信很多沒有經(jīng)驗的人對此束手無策，為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。
使用blasr軟件將三代測序數(shù)據(jù)比對到參考序列
blasr longreads.fastq reference.fasta --nproc 16 > blasr.out
部分輸出結(jié)果
m54155_170415_100314/5309390/25118_26816/0_1698 reference 0 1 -3020 75.3097 127858 128847 510317 3 1182
m54155_170415_100314/5243602/0_9742/0_9742 reference 0 1 -1076 79.0576 17916 18284 510317 8946 9296 9742
m54155_170415_100314/5440071/0_9295/0_9295 reference 0 0 -1122 91.2409 470798 471063 510317 0 267 9295 5
這個地方不知道為什么 reads 的 ID 多了后面一個部分。如果利用這個ID再來提取比對上的reads時就得不到結(jié)果
可以利用awk命令把結(jié)尾的部分去掉
參考鏈接 https://blog.csdn.net/liangbilin/article/details/108593296
cat blasr.out | awk '{print $1}' | awk -F '/' -v OFS="/" '{print $1,$2,$3}' > blasr.out1
-F 指定輸入文件的的分隔符 -v OFS 指定輸出文件的分隔符
這個服務器上沒有bgzip這個命令，我使用conda進行安裝
conda install tabix
這個安裝的是 0.2.6版本
解壓fastq文件時
bgzip -d pacbio.sequel.fastq.gz
遇到報錯
Error: 2
然后我卸載，重新安裝0.2.5試一下
conda uninstall tabix
conda install tabix=0.2.5
再次解壓遇到報錯
Error: invalid block header
以上報錯不知道什么原因，搜索一番后看到有人說安裝好 htslib后就可以直接使用bgzip了。我試了一下
conda uninstall tabix
conda install htslib
果然這次再用bgzip解壓就沒有報錯了
看完上述內(nèi)容，你們掌握awk命指定分隔符輸出字符串///使用bgzip遇到的報錯是怎樣的的方法了嗎？如果還想學到更多技能或想了解更多相關內(nèi)容，歡迎關注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！
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