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今天給大家介紹一下如何解決Richness和Chao計算的兩個基本問題。文章的內(nèi)容小編覺得不錯，現(xiàn)在給大家分享一下，覺得有需要的朋友可以了解一下，希望對大家有所幫助，下面跟著小編的思路一起來閱讀吧。
1.Richness和Chao為啥不能取平均？
比如一個樣方取了3個樣本作為重復(fù)。在算richness和Chao的時候，很多人都是把這三個樣本分開算，得到3個值，取個平均作為這個樣方的richness和Chao。
但其實這樣做是錯誤的!
正確的做法應(yīng)該是這三個樣本的OTU相加，得到的和再計算richness和Chao。這樣結(jié)果才最接近真實值。正因為要求和，才不存在平均值，也就自然不存在誤差線以及出現(xiàn)小數(shù)的情況。
但是在進(jìn)行統(tǒng)計檢驗的時候，如兩個樣方每個三個樣本，檢驗兩個樣方之間群落的物種數(shù)是否存在顯著差異。事實上還是得3個樣本分開算richness，這樣才能做統(tǒng)計檢驗。
因此在計算richness和統(tǒng)計檢驗的時候，用的是兩種不同的策略。
進(jìn)一步外推，對于所有的alpha多樣性指數(shù)，如shannon, simpson等，其實都會存在這個問題。
2. Chao也和測序深度相關(guān)，為啥Chao要用原始數(shù)據(jù)算而不用resample的數(shù)據(jù)算？
關(guān)于Chao也和測序深度相關(guān)，這里需要先挖一個坑，以后解答。
這樣算是因為用原始數(shù)據(jù)得到的Chao更接近真實值。雖然原則上需要先進(jìn)行resample，消除不同樣本之間測序深度的差異再計算才有可比性。但是這樣的結(jié)果離真實值差距更大。因此可能樣本之間由于測序深度差異較大，得到的Chao差異也很大。
以上兩個問題的核心都是如何計算得到的值更接近真實值。這樣必然會在其他地方做出犧牲。
第一個問題在統(tǒng)計檢驗的時候會不準(zhǔn)確，即原理上不能檢驗不同樣方之間alpha多樣性是否存在顯著差異,因為檢驗之前按照樣方內(nèi)多個樣本單獨計算的alpha多樣性就不準(zhǔn)。
第二個問題在比較不同樣本之間Chao的時候會存在錯誤的結(jié)果。Chao的高低可能是測序深度導(dǎo)致的，而不是群落本身。
以上就是如何解決Richness和Chao計算的兩個基本問題的全部內(nèi)容了，更多與如何解決Richness和Chao計算的兩個基本問題相關(guān)的內(nèi)容可以搜索億速云之前的文章或者瀏覽下面的文章進(jìn)行學(xué)習(xí)哈！相信小編會給大家增添更多知識,希望大家能夠支持一下億速云！
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