python中調(diào)用R函數(shù)的方法是什么

小編給大家分享一下python中調(diào)用R函數(shù)的方法是什么，希望大家閱讀完這篇文章后大所收獲，下面讓我們一起去探討吧！

如何在python中調(diào)用R？這其中包括了如何調(diào)用R的對象（函數(shù)和包），R和python的對象如何互相轉(zhuǎn)換，以及如何調(diào)用R的腳本（外界參數(shù)的輸入）。python提供了一個模塊rpy2，可以較好地完成這項工作。

一、安裝rpy2

rpy2的網(wǎng)址：http://rpy.sourceforge.net/index.html

可以使用easy_install安裝，# easy_install rpy2

注意事項：

（1）如果是源代碼編譯安裝R，需要在configure步驟加入后綴 --enable-R-shlib。

（2）需要安裝python-devel包。

二、python調(diào)用R對象

1、使用rpy2.robjects包的r對象

調(diào)用方法如下，以下robject.r的調(diào)用方法實際上是開啟了一個R的交互進程，只需要將R的代碼寫入一個字符串內(nèi)（注1），接著調(diào)用R即可：

import rpy2.robjects as robjects

此時，有三種方法調(diào)用R對象：

第一種：robjects.r['pi']

第二種：robjects.r('pi')（這種方法從某種程度上講是萬能的，因為可以將任意大小和長度的R代碼寫成一個python字符串，之后通過robjects.r('Rcode')調(diào)用執(zhí)行。）

第三種：robjects.r.pi（這種方法對于名稱中有“點號”的變量會出問題，比如data.frame/read.csv等，所以推薦使用第一種方法）

以下是一個創(chuàng)建和使用R函數(shù)（自己創(chuàng)建的函數(shù)或者R內(nèi)置函數(shù)）。注意：最后一種方法，對于對付一些特殊的格式很管用：

# creat an R function
>>> robjects.r(
           '''
           f <- function(r){pi * r}
   .       '''
           )
>>> robjects.r['f'](3)
[9.424778]
# internal function in R
>>> robjects.r['ls']()
# another internal function
>>> l = robjects.r['letters']
>>> len(l)
>>> robjects.r['paste'](l, collapse = '-')
# an alternative way of getting 'paste' function in R
# eval the R code
>>> coder = 'paste(%s, collapse = "-")' % (l.r_repr())
>>> robjects.r(coder)

對于一些特殊的R對象比如list和matrix，如果python要調(diào)去其中的部分數(shù)據(jù)，可以通過其rx()和rx2()方法操作。對于list，可以查看其name屬性，以獲得列表個個元素名稱。rx()和相當(dāng)于"["操作（注意取出的是R的list對象），而rx2()相當(dāng)于"[["操作。一個例子：

>>> tmp = r("list(a = matrix(1:10, nrow = 2), b = 'Hello')")
>>> print tmp
$a
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    3    5    7    9
[2,]    2    4    6    8   10
$b
[1] "Hello"
>>> tmp.names
<StrVector - Python:0x8afdc8c / R:0x8ce0a70>
['a', 'b']
>>> tmp.rx('a')
<ListVector - Python:0x8afd86c / R:0x8cf71c0>
[Matrix]
  a: <class 'rpy2.robjects.vectors.Matrix'>
  <Matrix - Python:0x8b013cc / R:0x97de388>
[       1,        2,        3, ...,        8,        9,       10]
>>> tmp.rx(1)
<ListVector - Python:0x8b010cc / R:0x8cf7100>
[Matrix]
  a: <class 'rpy2.robjects.vectors.Matrix'>
  <Matrix - Python:0x8b017cc / R:0x97de388>
[       1,        2,        3, ...,        8,        9,       10]
>>> tmp.rx2(1)
<Matrix - Python:0x8b01b4c / R:0x97de388>
[       1,        2,        3, ...,        8,        9,       10]
>>> tmp.rx2('a').rx(1, 1) # first element of 'a'
<IntVector - Python:0x8b01acc / R:0x8cf6fa0>
[       1]
>>> tmp.rx2('a').rx(1, True) # first row of 'a'
<IntVector - Python:0x8b01f2c / R:0x965ffd8>
[       1,        3,        5,        7,        9]

注意事項：

如果函數(shù)有警告（warnings），在ipython等IDE上能夠執(zhí)行，但是如果是腳本或者與網(wǎng)頁服務(wù)器交互，則會產(chǎn)生錯誤。

解決辦法：

（1）魯莽的解決很簡單，強行忽略R的警告，options(warn = -1)或者R代碼放入函數(shù)中suppressWarnings()。

（2）第二種辦法，如果是自己代碼中使用了warning()函數(shù)，則將warning信息換成字符串，之后單獨輸出。

如果R的函數(shù)參數(shù)用到向量，有兩種解決辦法：

（1）使用robject.**Vector()函數(shù)（見下）先將python對象轉(zhuǎn)換成R對象，然后帶入函數(shù)；

（2）直接使用python對象，一個例子：

>>> from rpy2.robjects import r
>>> a = r['matrix'](range(10), nrow = 2)
>>> print a
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 0  2  4  6  8   
[2,] 1  3  5  7  9

2、python對象轉(zhuǎn)換成R對象

通常，可以將python的list對象，轉(zhuǎn)換成為R的vector對象，之后直接使用R函數(shù)調(diào)用。相應(yīng)的函數(shù)是robjects.StrVector()/robjects.IntVector()/robjects.FloatVector()/robjects.complexVector()/robjects.FactorVector()/robjects.BoolVector()/，這些函數(shù)將python列表轉(zhuǎn)化成R的字符/整數(shù)/浮點/復(fù)數(shù)/因子/布爾向量。robjects.ListVector()將python的字典轉(zhuǎn)換成R的列表。

具體轉(zhuǎn)換可見http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/vector.html#creating-vectors

比如：

>>> testmatrix = robjects.IntVector([1, 2, 3, 4])
>>> robjects.r['matrix'](testmatrix, nrow = 2)
# another dynamic arguments example
>>> x = robjects.IntVector(range(10))
>>> y = robjects.r.rnorm(10)
>>> kwargs = {'ylab': 'foo/bar', 'type': 'b', 'col': 'blue', 'log': 'x'}
>>> robjects.r.plot(*args, **kwargs)
>>>

注意事項：

使用vector系列函數(shù)時，輸入的只能是python的列表，而不能是數(shù)字或者字符串。

3、載入和使用R包

使用rpy2.robjects.packages.importr對象，調(diào)用方法是

>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> base = importr('base')
>>> stats = importr('stats')
>>> affy = importr('affy')
>>> stats.rnorm(10)
如果想引用一個包中的隱變量，也很簡單，只要載入包，然后所有r命令化成成字符串，之后引用即可（這種方法是萬能的），比如
>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> importr('hwriter')
>>> a = r('hwriter:::hwrite.table(matrix(1:10, 2))')
>>> print(a)
[1] "<table border="1">n<tr>n<td>1</td><td>3</td><td>5</td><td>7</td><td>9</td></tr>n<tr>n<td>2</td><td>4</td>
<td>6</td><td>8</td><td>10</td></tr>n</table>n"

4、導(dǎo)入R腳本

使用R的source函數(shù)：

from rpy2.robjects import r
r.source('testrscript.r')

5、轉(zhuǎn)換R對象為全局變量

因為使用函數(shù)robjects.globalenv()將對象轉(zhuǎn)換成全局變量，特別是遇到python找不到一個R對象時（此時R對象可能通過r('Rcode')調(diào)用），留意將R對象轉(zhuǎn)變成全局變量。

三、R對象轉(zhuǎn)換成python對象

推薦使用tuple( )或者list( )函數(shù)，將R對象轉(zhuǎn)換成tuple或者list。

>>> a = r('c(1, 2, 3)')
>>> a
<FloatVector - Python:0x904746c / R:0x9114978>
[1.000000, 2.000000, 3.000000]
>>> str(a)
'[1] 1 2 3n'
>>> tuple(a)
(1.0, 2.0, 3.0)
>>> list(a)
[1.0, 2.0, 3.0]
>>> b = r('matrix(1:6, 2, 3)')
>>> b
<Matrix - Python:0x9039c6c / R:0x9114710>
[1,2,3,4,5,6]
>>> print b
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    3    5
[2,]    2    4    6
>>> tuple(b)
(1, 2, 3, 4, 5, 6)
>>> list(b)

看完了這篇文章，相信你對python中調(diào)用R函數(shù)的方法是什么有了一定的了解，想了解更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！