dbsnp數(shù)據(jù)庫(kù)有何特色功能

小樊
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2024-11-10 18:02:49

DBSNP數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)由NCBI維護(hù)的大型數(shù)據(jù)庫(kù),專門收錄人類基因組中的單核苷酸多態(tài)性(SNP)和短插入/缺失(indels)等遺傳變異信息。以下是關(guān)于DBSNP數(shù)據(jù)庫(kù)的特色功能介紹:

特色功能

  • 收錄內(nèi)容全面:DBSNP數(shù)據(jù)庫(kù)不僅收錄了SNP和短插入/缺失多態(tài)性,還包括微衛(wèi)星標(biāo)記和短重復(fù)序列等數(shù)據(jù)。
  • 數(shù)據(jù)豐富:DBSNP數(shù)據(jù)庫(kù)已收集了超過1.84億份提交文件,代表了55種生物的超過6400萬(wàn)種不同變種。
  • 支持多種查詢方式:用戶可以通過rs號(hào)、ss號(hào)等多種方式進(jìn)行查詢,獲取特定SNP的詳細(xì)信息。
  • 數(shù)據(jù)更新和維護(hù):DBSNP數(shù)據(jù)庫(kù)不斷更新,以包含最新的遺傳變異數(shù)據(jù),確保數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和完整性。
  • 數(shù)據(jù)下載和訪問:DBSNP數(shù)據(jù)庫(kù)提供了多種格式的數(shù)據(jù)下載,包括FASTA格式的序列數(shù)據(jù),方便用戶進(jìn)行進(jìn)一步分析。

數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)

DBSNP數(shù)據(jù)庫(kù)采用“中心和輻條”模型,中心是包含主要表格的dbSNPmain,而輻條是包含具體生物體數(shù)據(jù)的子數(shù)據(jù)庫(kù)。

查詢示例

以檢索NAT5的不同SNP的基因序列為例,用戶可以通過NCBI首頁(yè)進(jìn)入DBSNP,輸入rs號(hào)來(lái)查詢特定SNP的詳細(xì)信息,包括突變類型、堿基變化情況、人群頻率等。

DBSNP數(shù)據(jù)庫(kù)通過其全面的數(shù)據(jù)收錄、豐富的查詢方式、持續(xù)的數(shù)據(jù)更新和維護(hù),以及便捷的數(shù)據(jù)下載和訪問功能,為遺傳學(xué)研究人員提供了一個(gè)強(qiáng)大的工具,幫助他們更好地理解和分析遺傳變異。

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